วิธีผ่าตัดเปลี่ยนหัวใจที่นิยม คือ ตัดหัวใจของผู้ป่วยออกโดยเหลือเพียงบางส่วนของหัว ใจห้องบนซ้าย (หัวใจ:กายวิภาคและสรีรวิทยา) แล้วใส่หัวใจของผู้บริจาคเข้าไปแทนที่ แล้วมีการเย็บต่อห้องหัวใจและหลอดเลือดหัวใจบริจาคเข้ากับหลอดเลือดผู้ป่วย

การผ่าตัดเปลี่ยนหัวใจ อีกวิธี ซึ่งไม่เป็นที่นิยม คือ เพิ่มหัวใจของผู้บริจาคเข้าไปในผู้รับบริจาคอีกดวงหนึ่งโดยไม่ต้องตัดหัวใจเดิมออก